La grandiosa Bandera de Cuenca, forma dos franjas horizontales de tres por dos metros. Su franja superior es de color rojo vivo, mientras que la franja inferior resalta con un color gualda (amarillo dorado). Sus dos franjas son de igual anchura.
Sus colores rojo y amarillo, se originan de la insignia española. Cuenca se declaró siempre heredera de las virtudes de España, de Pelayo y de los Reyes Católicos. Tiene la ciudad el título de Muy Noble y Muy Leal. La leyenda de su escudo dice "Primero Dios y después voz"
El cabildo requirió al Virrey Márquez de Cañete la elaboración de un propio Estandarte y el derecho de trasladarlo públicamente por las calles de la Ciudad, colocarlo en las casas y usarla en casos cívicos sea de guerra y paz.
El primero que lo peticionó fue Rodrigo Paz, quien a su paso por Cuenca, cumplió un encargo especial del Cabildo. La Bandera fue recibida el 10 de junio de 1558, en presencia de su fundador, capitán Gil Ramírez Dávalos.
El Procurador Lázaro Vallejo requiere nuevamente la elaboración del Estandarte ya que la disposición anterior no fue cumplida, esta petición fue dada el 9 de mayo de 1590. Los fundamentos que tomaron en cuenta para la confección del estandarte, serian de damasco carmesí con las insignias Cuencanas de un lado y del otro lado la imagen de Santiago, El Apóstol, patrón de España, Estandarte que será paseado por las calles en vísperas del día del Apóstol (24 y 25 de julio). El primer portador del Estandarte fue le Alcalde Cristóbal Barzallo Quiroga.
